Para importar arquivos CSV complexos a melhor função no Matllab é o textscan.
O Matlab 2013 tem um ótimo gerador de scripts de importação, basta clicar duas vezes no arquivo CSV que o Wizard vai aparecer.
Depois disso basta selecionar as colunas desejadas e marcar a opção Import Selection –> Generate Function.
Um dica importante é como ligar com String com aspas no CSV, se seu arquivo é assim:
“4”,”RODOVIA OSWALDO CRUZ, N/D”
Nesse caso é melhor editar a função gerada e substituir o formato de String de %s para %q. Isso indica que suas strings são quoted e o Matlab vai trata-las corretamente.
Para mais informação verificar a documentação da função textscan
